domenica 1 marzo 2009

...Sta' a guardà er capello....

Chissà quante volte vi è capitato di avere la risposta ad una domanda sotto gli occhi e non vederla?! Ed ancora, non vi è mai successo di scoprire tale risposta con annessa imprecazione per la semplicità per ovvietà della stessa!? 
Nell'immagine d'accompagnamento a questo post, vi sono due spaccati di una molecola in fase di studio per le sue potenzialità anti tumorali. Durante l'ultimo mese, ho avuto modo di valutarne le sue peculiarità FARMACOCINETICHE ( ovvero proprietà di assorbimento e  metabolismo nell'organizmo) e quelle FARMACODINAMICHE (l'interazione precisa con il suo bersaglio). Ebbene, settimane intere di valutazioni delle strutture 3D, della conformazione del ligando e del recettore, discorsi di alto livello sul DOCKING molecolare (letteralmente: ancoraggio "attracco" al bersaglio del ligando) per poi cadere come un pirla su una banalità paurosa. Al 99% dei non addetti ai lavori, il disegnino di queste 2 strutture non dice assolutamente nulla, ma si possono trarre le prime ovvie considerazioni. Ad esempio, nella struttura di destra, manca un "angolo" cioè un atomo di carbonio, tra il primo ed il secondo anello. Un osservatore più esperto oltre a ciò, può approntare una valutazione più approfondita. Ovvero: (a) la massa molecolare della struttura di sinistra e maggiore di 14 uma (unità di massa atomica) rispetto a quella di destra. (b) le due strutture ha una rotazione sull'ultimo anello molto diversa, la sinistra risulta più mobile (l'atomo di C che divide il primo anello dal secondo è rotabile grazie alla sua geometria) mentre la desta è più rigida.
Il punto chiave sfuggito all'osservazione, che fa incazzare per la banalità sta proprio nella modifica dalla struttura di sinistra a quella di destra.
L'atomo di N (Azoto) ha caratteristiche basiche (è in grado di donare il suo doppietto di elettroni non condivisi), in pratica se posto in acqua da luogo un equilibrio di idrolisi che porta all'innalzamento del pH. 
A questo punto si deve ricordare che a causa della disposizione degli elettroni che compongo il guscio esterno degli atomi più vicini o più lontani dal centro di massa dell'atomo stesso, essi sono più o meno facilmente essere donati. Il carbonio (C), facente parte del primo anello, per sua caratteristica ha gli elettroni più vicini al nucleo di quanto non siano quelli del C che separa i due anelli. Questo provoca un effetto a catena che porta ad influenzare anche gli elettroni degli atomi adiacenti, come ad esempio quelli dell'azoto. Questo si traduce in una diminuzione della basicità dell'Azoto presente nella molecola di destra rispetto a quella di sinistra.
Morale della favola, aver tolto un carbonio ha diminuito la basicità, che ha influenzato negativamente l'attività della molecola anti-tumorale. La questione era evidentissima, eppure la mente si è rifiutata di vederla, servono a poco studi complicati di modellistica molecolare, se non si valuta i significati subliminali che ogni struttura porta con se.  





3 commenti:

Bruma ha detto...

...............Infatti non so come abbia fatto a non verderla subito sta roba (proprio chiara come el sole.....seh....)............ Com'ela giorgino?

Giò ha detto...

Ciao Feeeede!
lo so che per gente a diguino di questa materia questo post post può sembrare arabo, ma ti assicuaro che un occhio allenato i dettagli di cui accennavo nell'articolo li nota subito... com'ella ti?

Matteo L. ha detto...

E' arabo anche per me comunque...